Prépublications et épidémiologistes

Published: April 25, 2020

par Anh-Khoi Trinh, Dialogues Sciences & Politiques

Récemment, COVID-19 préoccupe tout le monde, particulièrement la communauté scientifique. Dans les dernières semaines, une augmentation de publications préimprimées à propos du coronavirus sur des référentiels tels qu’arXiv, medRxiv et bioRxiv a pu être observé; une croissance exponentielle étrangement similaire à la propagation du virus lui-même. Même des liens rapides ont été créés pour accéder rapidement ces publications.

https://science.sciencemag.org/content/367/6481/963

Bien que cela mette en évidence l’incroyable effort multidisciplinaire, mondial et collaboratif de la communauté scientifique pour faire face à cette crise exceptionnelle, ces publications non-révisées ont également mis de l’avant les insuffisances de la science ouverte.

Ceci a été particulièrement bien décrit par u/VeryLittle dans un post reddit qui souligne qu’un bon nombre des prépublications récentes manquaient de rigueur scientifique. Ce n’est bien sûr pas une nouvelle observation. Ce qui est nouveau cependant, c’est qu’une grande partie de ces prépublications est écrite par des épidémiologistes qui n’ont toutefois pas une formation en épidémiologie.

Je réfléchis depuis quelque temps: «Pourquoi poser une question d’épidémiologie à un physicien?». Malheureusement, je ne peux pas répondre à cette question. Je peux, par contre, vous dire qu’il y a des questions de nature épidémiologique qui sont posées à des physiciens, des mathématiciens et des informaticiens, et d’un air ébahi, j’observe les réponses être reprises par les médias sociaux et transmises aux communautés locales.

Cette préimpression en question a déjà été longuement critiquée et démystifiée sur les réseaux sociaux, je m’abstiendrai donc de l’identifier. Cependant, les arguments d’u/VeryLittle méritent d’être répétés.

– Toute publication en dehors de votre domaine d’expertise ajoutera peu de valeur à votre portfolio professionnel.

– Le public profane peut facilement saisir vos découvertes sans comprendre les subtilités de la culture préimprimée ou les hypothèses de votre modèle.

– Tout modèle que vous pourriez préparer serait une approximation de premier ordre par rapport aux modèles d’épidémiologistes réels.

– Il n’est pas question d’un matériel exotique ou d’une nouvelle particule subatomique; la vie des gens est en jeu et les conséquences de vos erreurs sont graves:

  • Dans le meilleur des mondes, vous pourrez ternir votre propre réputation aux yeux du public et de la communauté universitaire.
  • Dans le pire des cas, votre article pourrait influencer le discours public et impactée négativement les prises de décision qui devraient être fondées sur des preuves réelles.

J’ai moi-même essayé de lire certains de ces documents, mais je n’ai pas toujours pu évaluer la validité de leurs affirmations; et c’est précisément le hic. Ce n’est pas le moment pour un physicien, un mathématicien ou un informaticien quelconque de s’essayer à l’épidémiologie en publiant ses résultats sous forme de prépublications. Oui, nous utilisons tous les mathématiques. Oui, nous savons tous comment coder et ajuster les données. Oui, nous avons déjà vu une courbe exponentielle. Et oui, nous savons comment résoudre les PDE et donc comment programmer les courbes SIR. Certains d’entre nous savent peut-être même comment implémenter des algorithmes d’apprentissage automatique. Pourtant, la plupart d’entre nous ne sont pas en mesure d’évaluer avec précision les paramètres de ces modèles, et nous ne sommes pas correctement formés pour interpréter les résultats. Surtout, nous ne sommes pas formés pour fournir des recommandations politiques aux institutions dirigeantes.

L’épidémiologie mathématique est un métier. Certains Youtubers mathématiques populaires dont Numberphile et 3Blue1Brown ont fait un excellent travail pour décrire les mathématiques sous-jacentes des éclosions de maladies infectieuses. Cependant, si vous comparez leurs modèles à ceux décrits par Dr Robin Thomson dans son forum public en ligne à l’Oxford Mathematical Institute, il est clair qu’il existe de nombreuses subtilités que seuls les épidémiologistes experts sont équipés à considérer correctement. N’oublions pas que ces découvertes scientifiques servent à éclairer la prise de décision rapide en temps de crise; négliger ces subtilités cruciales pourrait conduire les politiciens à adopter des actions redoutables.

Le climat de publication actuel place le statut des prépublications dans une situation précaire. En effet, quiconque ayant accès à Internet peut mettre sur pied un article sans le faire évaluer par des revues scientifiques. D’autant plus, qu’il est maintenant plus facile pour eux de recevoir des rétroactions avant de se lancer dans les publications académiques. Ces dernières semaines cependant, nous avons été témoins de la façon dont un tel système permet à une mauvaise intégrité académique de diluer la voix des experts. D’après moi, une solution simple et durable serait pour la communauté universitaire d’élever ses normes d’édition et à reconnaître les limites de son expertise — c’est un petit prix à payer pour une culture de publications scientifique démocratisée.

À l’ère des prépublications, nous devons reconnaître que des personnes peu expertes du domaine peuvent lire nos articles. Par conséquent, pour ceux qui utilisent les services de préimpression et écrivent sur COVID-19, voici quelques conseils que je propose:

  • Incluez un résumé vulgarisé (comme ceci)
  • Délimitez clairement vos hypothèses
  • Mettez en évidence les limites de votre modèle
  • Énoncez explicitement l’impact de votre étude à la fois à la communauté scientifique et aux parties prenantes potentielles.

Bien que cet article ait jusqu’à présent ciblé des scientifiques ayant une formation en sciences quantitatives, ce message d’intérêt public s’étend vraiment à toute personne susceptible de diffuser des preuves scientifiques inexactes. Cela inclut les utilisateurs de bioRxiv et medRxiv, les médecins, les journalistes, les influenceurs et toutes les autres personnes qui utilisent les médias sociaux: (1) ne soyez pas un faux-expert (2) vérifiez vos sources avant de les partager.

https://www.lemonde.fr/blog/xaviergorce/2020/03/23/flambee-de-bananes/

Cet article a été initialement motivé par le post reddit d’u/VeryLittle. Toutefois, je dois avouer que je suis en désaccord avec le titre de son post. Je pense que ne pas publier vos pré-impressions soit en fait le moins que vous puissiez faire. La meilleure chose que vous pouvez faire est de promouvoir la voix de véritables experts et de soutenir vos communautés locales. Vous trouverez ci-dessous une liste de ressources canadiennes fiables compilées par Dialogues Sciences & Politiques. Cette liste comprend des institutions universitaires et gouvernementales, des scientifiques, des journalistes et des communicateurs scientifiques. La liste complète peut être trouvée ici, et un fil Twitter contextualisant certains de ces acteurs peut être trouvé ici.

Theresa Tham (gouvernement), Patty Hajdu (gouvernement), Mona Nemer (gouvernement), Rémi Quirion (gouvernement), David Fisman (chercheur), Tara Moriarty (chercheuse), Jennifer Robson (chercheuse), Andre Picard (journaliste), Valérie Borde (Journaliste), Curtis Kim (Data scientist), Samantha Yammine (Communication scientifique), Christopher Labos (Médecin et communication scientifique).

Malgré les efforts de la communauté scientifique pour implorer les gouvernements de prendre des mesures contre le changement climatique, la pollution du plastique, la confidentialité des données et de nombreuses autres questions, les politiciens ont largement ignoré nos préoccupations en faveur de la prospérité économique et des gains en capital. Nous sommes maintenant en mesure de montrer au monde comment la science peut servir à l’amélioration de la société. À cette fin, nous avons tous un rôle à jouer pour que la science soit prise au sérieux par les décideurs.

Un grand merci aux scientifiques bénévoles de Dialogues Sciences & Politiques pour avoir compilé la liste des ressources canadiennes, et Maia Dakessian, Irene Kaloyannis et Jessica Bou Nassar pour leurs commentaires éditoriaux.

@AnhKhoiTrinh est candidat au doctorat en physique à l’Université McGill et vice-président interne de Dialogues Sciences & Politiques.